认定单位故意犯罪，首先应当查明单位是否属实。具体可从两个方面进行审查：一是从单位的成立形式和组织结构看，经过有权机关或组织（如工商局、上级主管部门等）审批、登记注册的社会经济组织等，可以认定为单位。但是，有些有限责任公司、股份有限公司在形式上虽然经过工商部门审批、登记注册，如果确有证据证实其实际为特定一人出资、一人从事经营管理活动，主要利益归属于该特定个人的，应当根据查证属实的情况，以刑法上的个人论。至于有限责任公司和股份有限公司中各股东的出资比例大小，以及是否具有亲属关系（具有财产共有关系的家庭成员除外），一般来说并不影响对单位的认定；二是从单位的实际活动性质看，如果单位主要从事违法犯罪活动，或者成立单位的目的就是从事违法犯罪活动的，应当否定其正当的单位人格，对其实施的危害行为以个人违法犯罪行为论处。
２．单位故意犯罪的构成特征
在查明单位属实的基础上，要认定单位故意犯罪，应当主要把握两个构成特征：一是犯罪意志的整体性，即单位故意犯罪是经单位集体研究决定或由负责人决定的。如果单位中的一般工作人员擅自为本单位谋取非法利益，事后得到负责人认可或默许的，可以视为其危害行为具有犯罪意志的整体性，以单位犯罪论处。否则，应认定其危害行为系出于个人意志，以个人犯罪论处；二是非法利益归属的团体性，即单位故意犯罪在客观上表现为为单位谋取非法利益的行为，或者违法所得实际归属于单位或其中的部分股东单位。只有同时具备以上两个特征的行为，才能认定单位故意犯罪。
对于单位中的个人假借单位名义实施犯罪，为个人谋取非法利益的，或者虽经单位集体研究决定实施犯罪，但违法所得实际由个人共同分取的，因这两种情形都不具有非法利益归属的团体性特征，应以个人犯罪论处。
对于单位集体决定实施犯罪，个人共同分取违法所得的案件，尤其应当注意贯彻惩办少数、教育多数的刑事政策，一般只能将共同犯罪活动的组织、领导、指挥者和起主要作用的实行犯纳入治罪范围。
二、几种特殊对象能否成立单位犯罪的主体
１．单位分支机构等的单位犯罪主体问题
根据最高人民法院有关司法解释规定，以单位的分支机构或者内设职能部门的名义实施犯罪，违法所得亦归分支机构或者内设职能部门所有的，应当认定为单位犯罪。不能因为单位的分支机构或者内设职能部门没有可供执行罚金的财产，就不将其认定为单位犯罪，而按照个人犯罪处理。在具体处理上，应当注意两点：１ 对于仅参与决策会议，并非犯罪提议者或实际决策者的单位负责人，可以不作为直接负责的主管人员追究刑事责任；对于受单位负责人指派或奉命参与实施了非起主要、关键作用的犯罪行为的单位职工，可以不作为直接责任人员追究刑事责任。２ 在对直接负责的主管人员或直接责任人员裁量刑罚时，不能想当然地认定每一直接负责的主管人员在单位犯罪中所起的作用必然大于所有直接责任人员，应当尽量根据各自在单位犯罪中实际所起作用的大小，分清主次罪责，体现罚当其罪。
２．个人承包企业的单位犯罪主体问题
个人承包企业能否成为刑法上的单位，应以发包单位（必须符合刑法上单位的特征）在被承包企业中有无资产投入为标准，分两种情况分别认定：一是发包单位有资产投入的，因被承包企业是发包单位自主选择经营方式的结果，是发包单位资产所有权与经营权相分离的表现，并不因为采用发包经营方式而改变其资产属性和单位的性质，对于该种个人承包企业所实施的犯罪行为，应以单位犯罪论处；二是发包单位没有资产投入的，其实际表现是发包单位仅仅提供营业执照，届时按约收取固定的承包费。在该种情形下，因被承包企业的经营资本实际由承包者个人投入，且独立自主经营，主要收益归属于承包者个人所有。对于该种个人承包企业所实施的犯罪行为，可以个人犯罪论处。
３．“名为集体，实为个人”的单位主体问题
“名为集体，实为个人”的单位一般包括两种情形：一种是本应注册登记为个人独资企业或者个体工商户，却挂靠国有、集体企业或其他单位从事生产、经营活动的单位；另一种是原为国家或集体所有的企业或其他单位，经改制后，已为个人实际买断经营，但仍然沿用原国有、集体单位的名称，并向其上级主管单位缴纳固定的管理费用的单位。因以上两种单位均实际由个人投资，利益也主要归属于个人，对其实施的犯罪行为，应以个人犯罪论处。
４．境外（含外国）公司、企业或组织的单位犯罪主体问题
境外（含外国）公司、企业或组织能否认定为刑法上的单位，关键在于有无确实的证据证明其存在的真实性和合法性。如果有证据证明系境外合法存在的公司、企业或组织实施有关犯罪行为的，应对其直接负责的主管人员或直接责任人员追究单位犯罪的刑事责任。如果经侦查所获得的或境外公司、企业、组织提供的证据、材料难以准确说明行为人系以单位身份实施犯罪，或者境外公司、企业或组织具有合法存在的主体资格的，对行为人所实施的严重危害行为可以个人犯罪论处，酌情从轻处罚。
