有限责任公司的设立人之间签订的设立协议，表达的是设立人之间设立公司的共同愿望，设立协议通常对各设立人的权利、义务作明确约定。其内容一般包括：拟设立公司注册资本总额，各发起人的出资额、出资方式及时间，设立过程中各设立人的权利与义务，设立过程中与他人签订合同时以谁的名义以及合同责任承担，公司设立失败时公司设立费用及债务承担等。
而公司章程是公司必备的由公司设立人共同制订的，并对公司、股东和公司的经营管理人员具有约束力的，调整公司内部组织关系和经营行为的自治规则。它是公司成立的必备法律文件，是公司有效运行的前提和基础，是公司活动的根本准则。
从约束对象的角度讲，基于合同相对性，设立协议仅对于协议的订立者，即公司的设立者有效，对除此之外的人无效；而公司章程不仅对公司的设立者有效，还对公司的高级管理人员、公司以及股东均有效力。
此外，从文件的重要性角度讲，设立协议仅是当事人之间的一份普通的协议或合同，属于任意性文件，法律对其并无强制性要求，而公司章程是公司设立的必备法律文件，是申请设立公司时必需提交的重要材料，必须包含法定的记载事项。最后，两者发挥作用的期间也有所不同，设立协议调整的是公司设立过程的法律关系和法律行为，因而其效力期间是从设立行为开始到设立过程终止，公司的成立即意味着协议的终止；而公司章程的效力及于公司成立后整个的存续过程，直至公司完全终止。