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一、来料加工模式
1、办理出口退税登记
一般程序如下：
（1）有关证件的送验及登记表的领取
企业在取得有关部门批准其经营出口产品业务的文件和工商行政管理部门核发的工商登记证明后，应于30日内办理出口企业退税登记。
（2）退税登记的申报和受理
企业领到"出口企业退税登记表"后，即按登记表及有关要求填写，加盖企业公章和有关人员印章后，连同出口产品经营权批准文件、工商登记证明等证明资料一起报送税务机关，税务机关经审核无误后，即受理登记。
（3）填发出口退税登记证
税务机关接到企业的正式申请，经审核无误并按规定的程序批准后，核发给企业"出口退税登记证"
（4）出口退税登记的变更或注销
当企业经营状况发生变化或某些退税政策发生变动时，应根据实际需要变更或注销退税登记。
2、办理来料加工贸易免税证明。
企业以"来料加工"贸易方式免税进口原材料、零部件后，凭海关核签的来料加工进口货物报关单和《来料加工登记手册》向主管出口退税的国税机关办理"来料加工贸易免税证明"，持此证明向主管征税的国税机关申报办理免征加工或委托加工货物及其工缴费的增值税、消费税。货物出口后，凭来料加工出口货物报关单和海关已核销的来料加工登记手册、收汇凭证向主管出口退税的国税机关办理核销手续。逾期未核销的，主管出口退税的国税机关将会同海关和主管征税的国税机关及时以补税和处罚。
3、退免税规定
（1）退税。根据现行的《中华人民共和国增值税暂行条例》和《中华人民共和国消费税暂行条例》规定：有些货物在国内是免税的，因而此类货物出口后也是以不含税成本进入国际市场进行竞争的。根据“未征不退”的原则，对国家统一规定的免税货物出口后不再予以退税。对来料加工复出口的货物，其外商来料部分，进口时是免税的，生产企业加工复出口的货物的加工费收入也是免征增值税、消费税的，所以，出口后也不退税。
（2）免税。有进出口经营权并已向主管退税税务机关办理出口退税登记的出口企业，以“来料加工”贸易方式免税进口原材料、零部件加工复出口的货物，除另有规定外。加工企业可凭主管出口企业出口税务局的税务机关出具的《来料加工免税证明》，向主管征税税务机关申报办理免征国内加工环节其加工或委托加工货物工缴费的增值税、消费税。
据此，在来料加工的贸易方式下，由于加工所用原材料、部件未征税，因此没有退税问题，而对于其收取的工缴费可以依法免税。
二、进料加工模式
1、退税程序
生产企业以“进料加工”贸易方式进口料、件加工复出口的，对其进口料件应根据海关核准的《进料加工登记手册》填具“进料加工贸易申请表”，报经主管其出口退税的税务机关同意盖章后，再将此申请表送主管其征税税务机关，并准许其在计征加工成品的增值税时对这部分进口料、件按规定征税税率计算税额予以抵扣。货物出口后，主管退税的税务机关在计算其退税或抵免税额时，也应对这部分进口料件按规定退税率计算税额并予扣减。
2、退税率
根据国家税务总局《关于提高部分出口货物退税率的通知》（国税明电〔１９９９〕１１号）、财政部、国家税务总局《关于进一步提高部分货物出口退税率的通知》（财税字〔１９９９〕２２５号）及财政部、国家税务总局《关于调整出口货物退税率的通知》(财税［２００３］２２２号)的规定，自２００４年１月１日起，无论任何企业以何种贸易方式出口货物均按相关通知规定执行。
其中，下列货物维持现行出口退税率不变：
（一）现行出口退税率为５％和１３％的农产品；
（二）现行出口退税率为１３％的以农产品为原料加工生产的工业品（本通知第三条和第四条的规定除外）；
（三）现行税收政策规定增值税征税税率为１７％、退税税率为１３％的货物；
（四）船舶、汽车及其关键件零部件、航空航天器、数控机床、加工中心、印刷电路、铁道机车等现行出口退税率为１７％的货物（商品代码及名称见附件一）。
（注：具体货物的出口退税率应根据相应的海关税号核实）
3、“免、抵、退”税计算公式
以“进料加工” 贸易方式进口料件加工复出口货物，计算“免、抵、退”税的基本公式为：
当期不予抵扣或退税的税额 =当期出口货物离岸价×外汇人民币牌价×（征税率-退税率）- 当期海关核销免税进口料件组成计税价格×（征税率 -退税率）
当期应纳税额 =当期内销货物的销项税额-（当期全部进项税额-当期不予抵扣或退税的税额）-上期未抵扣完的进项税额
（1）应退税额的计算
①如当期应纳税额≥0，则：当期应退税额=0
②如当期应纳税额＜0，且当期应纳税额的绝对值＜（当期出口货物离岸价×外汇人民币牌价×退税率-当期进口料件免抵退税抵减额，则：
当期应退税额=当期应纳税额的绝对值
③如当期应纳税额＜0，且当期应纳税额的绝对值≥（当期出口货物离岸价×外汇人民币牌价×退税率-当期进口料件免抵退税抵减额，则：
当期应退税额=当期出口货物离岸价×外汇人民币牌价×退税率-当期进口料件免抵退税抵减额
结转下期继续抵扣的税额=当期应纳税额绝对值-当期应退税额 | 
