有进出口经营权的商品流通企业（包括商业、粮食、外贸、物资供销、医药商业、供销合作社等），按其经营方式的不同，其进出口业务可以分为自营和代理两大类。不同的经营方式下的进出口业务，有关关税核算的方法和内容也不一样。
（一）自营进出口业务关税的核算
商品流通企业自营进口业务所计缴的关税，在会计核算上是通过设置“应交税金——进口关税”和“物资采购”账户加以反映的。应缴纳的进口关税，借记“物资采购”，贷记“应交税金——进口关税”；实际缴纳时，借记“应交税金——进口关税”，贷记“银行存款”。也可不通过“应交税金——进口关税”账户，而直接借记“物资采购”账户，贷记“银行存款”、“应付账款”等账户（出口业务会计处理亦然）。
商品流通企业自营出口业务所计缴的关税，在会计核算上是通过设置“应交税金——出口关税”和“主营业务税金及附加”账户加以反映的。应缴纳的出口关税，借记“主营业务税金及附加”，贷记“应交税金——出口关税”；实际缴纳时，借记“应交税金——出口关税”，贷记“银行存款”。
[例1] 某外贸企业从国外自营进口商品一批，CIF价格折合人民币为400000元，进口关税税率为40％，代征增值税税率17％，根据海关开出的专用缴款书，以银行转账支票付讫税款。计算应交关税和物资采购成本如下：
应交关税＝400000×40％＝160000（元）
物资采购成本＝400000＋160000＝560000（元）
代征增值税＝560000×17％＝95200（元）
作会计分录如下：
计提关税和增值税时：
借：物资采购 560000
贷：应交税金——进口关税 160000
应付账款 400000
支付关税和增值税时：
借：应交税金——进口关税 160000
贷：银行存款 160000
借：应交税金——应交增值税（进项税额）95200
贷：银行存款 95200
