随着 2008 年 8 月 7 日 高新技术企业认定管理网（ https://www.innocom.gov.cn/huojupublish/index.htm ）的再次全面开通运营，江苏、浙江、上海等省市的高新技术企业认定工作的陆续启动，其他省市如：北京、黑龙江、天津等省市也将于近期全面启动认定工作，结合我们为国内数十家高新技术企业提供高新技术企业认定咨询、策划、辅导的实务经验，当前高新技术企业认定主要面临一下困境：
一、   许多高新技术企业自主知识产权有问题。 
核心知识产权是本次高新技术企业认定的亮点之一； 2008 年 8 月 5 日下午 ，在“全国高新技术企业认定管理工作视频会议”上科技部万钢部长也再次强调核心自主知识产权是申请高新技术企业的必备核心要件之一。另外，自主知识产权亦是企业“其他指标”的重要评价依据之一。如果企业没有知识产权，或者仅有商标权将难以通过本次高新技术企业认定。企业应该尽快采取措施进行调整，否则将难以继续享受税收优惠政策。建议：通过独家授权使用合同安排。 
二、   研发费用不足，也是企业普遍存在的问题。 
好多企业因为过去管理松散，没有单独核算“研发费用”，造成目前研发费用不足，成为认定高新的主要障碍，另外本次高新认定要求企业需要按照研发项目填报研发费用，如果仅有研发费用而没有研发项目的还是达不到规定的要求。这些企业应该尽快在专业人士的协助下，做出规划，少走弯路，提高效率。建议：企业应该设立研发中心，便于归集研发费用。 
三、   有些企业科技和研发人员比例无法达到规定的指标，特别是有些规模较大的生产企业。 
尽管企业各方面都达到规定的要求，但由于企业规模庞大，生产技术工人较多，科技人员和研发人员的比例无法达到 30 ％、 10 ％的最低要求，这样的企业同样面临困境。这样的企业短期内无法调整，比较麻烦。建议：要么劳务外包，要么分立生产环节。 
四、   关于申报资料失实的问题。 
由于本次高新认定管理办法明确规定，高新认定中资料经核实失实的要取消高新技术企业资格， 5 年不会受理。所以企业要策划好自己的高新技术企业认定资料，明显不附的风险和成本是非常巨大的。取消资格之后的工作就是税务机关将依法追缴企业所得税和滞纳金，特别需要关注的是目前征管法没有了漏税的概念，只能认定为偷税，这个风险会更大。策划高新技术企业认定合法性是前提，空间有，风险亦非常大，必须关注。 
五、   关于通过高新技术企业认定未来 3 年复审的问题。 
目前高新技术企业证书的有效期是 3 年，因此到期后还需要重新复审，复审通过不了也就应意味着税收优惠到期了，那么这要求企业在策划本次高新认定的工作中要有前瞻性，最好做成一个企业核算及运营的模型，而不是朝令夕改的处理方式，这样才能确保未来 3 年期满后还能认定成高新技术企业。从我们的经验来看，我们是结合高新认定的要求给企业做出一个可以长期操作的模型，一个目的是降低风险，一个目的是规范化。