在南北战争时期，当时有些靠近北方的奴隶州尽管还留在北方，但许多人是“身在曹营心在汉”，替南方叛乱分子收集情报，这令一些联邦军队的军官防不胜防。

林肯总统是律师出身，对美国宪法了如指掌，但是为了联邦的统一，1861年4月，在国会休会期间，下令中止一些不稳定地区的人身保护令，也就是准许军事人员不经司法程序可以逮捕、拘留和监禁可疑公民。

梅里曼是在5月25日凌晨在睡眠中被抓走的，理由是他暗地里组织当地的阴谋叛乱活动，参与破坏当地的铁路桥。

天一亮，他的律师威廉斯赶到军营，要求军方出示抓人的法律文件，把疑犯带到普通法庭、由陪审团定罪、法官审理。军营指挥官以国家安全和军事机密为由拒绝出示任何文件。威廉斯碰了钉子后，便直奔华盛顿去找最高法院首席法官坦尼。

听完威廉斯的陈述，84岁的坦尼极为震惊。坦尼不顾年老体衰，立马赶到了巴尔的摩联邦巡回法院。5月26日晚，坦尼给凯德瓦尔德将军下达一份人身保护令状，要他在第二天中午11点带着梅里曼来到巴尔的摩的法庭见他。

凯德瓦尔德将军拒绝出庭，只派了一位上校出场。这位上校全副武装，佩剑在身。他神情严肃地告诉法庭，军方已控告被告阴谋进行反对政府的武装叛乱，并转述了凯德瓦尔德将军的严正声明：“在此类案件中，美国总统正式授权他出于公共安全考虑暂时中止执行人身保护令状。且被告知，在内战时期如果出现失误的话，也是出于国家安全考虑。”

坦尼问及梅里曼人在哪里，上校说除了刚才的声明外他没有得到其他指示，说完便昂头挺胸正步走出法庭。

坦尼做了半个世纪的法官，从未受过这样的蔑视。他立即发出另一份传票，指控凯德瓦尔德将军蔑视法庭，要其在“第二天12点来见我”。为了表明他的权威，坦尼这次是以最高法院首席大法官身份出面。

第二天凯德瓦尔德将军依然没有露面。坦尼便问负责送信的联邦法院执法官是怎么回事？执法官满腹委屈地报告说，他去到军营门口，我连门都没让进。

坦尼再次震怒。立刻写一份意见书送交林肯总统，请他履行其宪法责任―强制实行法庭程序。

在给总统的意见书中，坦尼明确表示：“一个军官以空洞无物的罪名逮捕了一位公民，且无证据”， 因此，逮捕梅里曼的行为是对公民自由“武断和非法的践踏”。不仅如此，军方还无视法庭发出的人身保护令状，并宣称其行动是总统的授权，“我对此当然万分惊讶，因为我曾认定几乎所有人都同意一项基本的宪法权利――人身保护权是不能被搁置的，除非国会通过法律。”接着，他毫不客气地指出，如果军方没有越权，那么，“是总统行使了一种宪法没有赋予的权力”。如果军方以任何借口篡夺宪法赋予司法部门的权力，那么，“美国人民将不再生活在一个法治的社会中，他们的生命、自由和财产将可能由军人来任意处置。”最后，他提醒总统不要忘记自己就任总统时的誓词：“我一定竭尽全力维护、保护和捍卫美国宪法。”

因受1857年斯科特案的影响，联邦最高法院的声誉和权威可以说降到了历史最低点，最高法院已处于半瘫痪状态，坦尼更受到北方公开的蔑视，威信扫地。

林肯是怎么处理坦尼的法律意见或他是否曾经收到过，历史都没有记载。

在国会开会期间，林肯请求国会支持暂停人身保护权。国会一片哗然，经过几番激烈的辩论，1861年7月国会通过一项法律，授权总统可在战时暂停人身保护权，但有一项限制条件：军方可以逮捕和扣留危害国家安全的疑犯，但不得加以军法审判，并要将逮捕的平民名单和案情告知普通法庭。如果当地普通法庭的大陪审团拒绝起诉疑犯，疑犯便可要求地方法官命令军方将自己交给普通法庭听证并释放。

有了国会支持，林肯于1862年中止全国所有被军事当局禁闭的人的人身保护令。

一年后，联邦政府宣布巴尔的摩不再是危险地区，军方才把梅里曼转交给司法当局。不久被释放。

1864年坦尼在郁闷中去世，林肯任命蔡斯为首席大法官。蔡斯是位长期反对奴隶制的坚强斗士。

1864年10月，联邦军队奉指挥官哈维将军之命逮捕了平民米利根，控告他们勾结南部叛军，阴谋夺取联邦军队的军火库，攻占关押南方军人的战俘营。军方以军法处审判，结果三下五除二就认定罪名成立，判处绞刑。

米利根的律师麦克唐纳因为业务关系，曾与林肯有一面之交。麦克唐纳跑到华盛顿找林肯，请求林肯刀下留人。林肯尽管支持哈维将军军法处的判决，但暗示如果战争能够在对米利根的绞刑未执行前结束的话，米利根可减刑。

但不久林肯遇刺身亡，由副总统约翰逊继任。出于对叛乱和阴谋分子的愤怒，约翰逊在5月2日批准对米利根的死刑决定，军方据此把米利根的刑期定在5月19日。麦克唐纳遂在10日请求法院给米利根以人身保护令状。两位法官讨论数日也拿不定主意，只好移交给最高法院。

军方接受最高法院请求，同意暂时推迟米利根的刑期。5月26日内战正式结束，这样，米利根至少可以免于一死。

为准备1866年3月最高法院对米利根案的开庭，他召集了另外两位律师：加菲尔德和布莱克，三人铆足了劲，决心把这一涉及宪法基本权利的案子反过来。他们把重点放在程序上：军方是否有权在非作战地区停止人身保护权、逮捕平民并加以军法审判。

在法院辩论中，布莱克首先上场，他的声音令听众肃然起敬。他指出，即使米利根是个十恶不赦的罪犯，他的人身自由仍是神圣不可侵犯的，拥有一个公民应有的公平审判的宪法权利。军方决不能独立于甚至高于民政当局，他们逮捕平民应交给普通法院，由法院组织大陪审团进行公开和公平的审判，而军方对米利根案的处理显然违反了这一规定，没有对米利根进行公平的审讯。

代表政府方面出庭的是司法部长及其助手，他们一再强调战时的特殊性。对此，加菲尔德反驳说，军方在逮捕米利根时，不但印第安那州不是战场，就连邻近的各州也没有武装的敌人。再退一步讲，南方的叛乱在5月19日基本停止，而军方仍根据林肯战时颁布的戒严令决定在19日执行绞刑，缺少法律根据。律师们还进一步举出英美法治史上的例证，说明林肯停止人身保护权的做法缺少法理基础。

相对于辩方律师的雄辩，政府方面的说辞就显得软弱无力了，他们只能强调军方的行为乃是根据林肯总统1862年9月的戒严令。

三个星期后，最高法院作出了判决。尽管当时的9个大法官中有五位是林肯任命的，但是他们却和其他四位法官一致投票判定：军方对米利根没有司法管辖权，米利根及其同伙必须释放。

判决书再次强调了宪法的神圣性：“美国宪法是统治者和民众的法律，不论平时还是战时，……乃至在一切情况下，都是一样有效的”，因此，在普通法院存在的情况下，对平民的军法审判违反了宪法所规定的由大陪审团定罪和公开审判的原则。尽管审判米利根的军事法庭是由行政当局合法建立的，但是总统或国会并没有授权它在普通法庭仍正常工作情况下审判平民。他们的立场很明确，不论是总统还是国会，在任何情况下都无权中止人身保护权。

在附加意见中蔡斯指出，《1863年的人身保护权法》旨在保证平民在普通法庭受审，但是，根据战时权力，国会能够通过为进行战争所需的立法。如果国会认为普通法庭不能够惩罚叛国罪，它可以授权军方审判罪犯。

米利根刚走出了监狱，就乘机反咬一口，控告军事法庭加害于他，要求过失赔偿。米利根再次胜诉，获得了具有象征意义的5美元赔偿。

从本质上讲，米利根案和梅里曼案大同小异，其结果的截然相反主要是因为时机不同。在内战初期，联邦军队一败再败，军心大乱，必然会倾向以军法严惩判乱分子。而米利根案判决时内战已结束，此时此刻，在涉及军方对平民的司法管辖权问题上，大法官们很自然会倾向于和平年代的法治和秩序。

从长远来看，米利根案在美国宪政史上意义深远。从此以后，不论是两次世界大战期间，还是美国60年代社会骚乱时期，美国本土没有人再敢尝试停止人身保护权的做法。

司法与战争的问题是千百年来宪政难题，在一个缺少法治崇尚暴力的国家首选当然是战争解决一切问题，但在一个信仰法治，把宪政视为生命的国家为什么也会发生战争呢？